Описание и анализ языков коренных и малочисленных народов — одно их ключевых направлений исследований, нацеленных, с одной стороны, на сохранение культурно-исторического наследия и языкового разнообразия, а с другой — на получение новых языковых данных, необходимых для развития лингвистической теории. Кафедра теоретической и прикладной лингвистики — ведущий центр полевых исследований малых языков в России на протяжении более чем полувека. В 2019 году эта многолетняя работа кафедры получила организационное подкрепление: на филологическом факультете создан Центр по изучению языков коренных народов России. Основная задача центра — проведение полевых исследований малых языков, в особенности языков, находящихся под угрозой исчезновения. Эта работа проводится силами кафедры теоретической и прикладной лингвистики с привлечением коллег из дружественных академических организаций.